康熙十九年(1680年),主持编修《明史》的大臣徐元文又向康熙推荐了作为杰出史学家的黄宗羲。康熙帝立即命两江总督和浙江巡抚以礼相聘。黄宗羲提出要给老母守丧、自己又年老多病为理由,辞而不往。康熙知道不能勉强要求黄宗羲正式参加官修《明史》之事,就下了一道特旨:凡黄宗羲所有论著和他搜集的明代史料,由地方官抄录送京,交给史馆。
对待清朝皇帝的再次征召,黄宗羲虽然绝对不愿当清朝的官,但修纂《明史》是有关祖国历史和文献的一件大事,他对此寄予了颇大的关注。康熙十八年,他的得意门生万斯同应徐元文之召到北京参加修《明史》,他表示支持,还把一部分有关史料交给了万斯同。黄宗羲尽管没有直接参与编修《明史》,却为此作出了不少贡献。由于他史学造诣极深,对明代史事十分熟悉,所以每逢修史中遇到重大疑难问题时,史官们总是通过书信请他指教;有时派人千里送稿,求他审正修改,才算定论。对此,黄宗羲每次都不辞辛劳地给与详切的答复。